In der Mitte der Ærøs liegt die kleine Stadt Ærøskøbing. Es gibt zwei Häfen in Ærøskøbing, den alten Stadt- und Handelshafen direkt an der Altstadt und den neueren Yachhafen etwas weiter nordwestlich. Beide Häfen sind gut und modern ausgestattet. Neben ordentlichen sanitären Anlagen gibt es Grillmöglichkeiten, einen Spielplatz und Reparaturmöglichkeiten. Einen Supermarkt gibt es zwischen den beiden Häfen und im Ort gibt es viele kleine Läden, Cafes und Restaurants. Beide Häfen sind gut geschützt, in der Marina liegt man in Boxen, im alten Stadthafen an der Pier oder im Päckchen, wenn es im Sommer voll wird.
Die Altstadt Ærøskøbings ist nahezu unverändert aus dem 17. Jahrhundert und steht unter Denkmalschutz. Durch die liebevoll renovierten alten Häuschen in den engen Gassen hat die Stadt einen besonderen Charme und trägt den treffenden Beinamen "Märchenstadt". Im Sommr ist die Stadt bei Toursten und Seglern sehr beliebt.
Eine Besonderheit ist das quadratische Kochhaus auf der südöstlichen Ecke der Mole des alten Hafens. Es wurde Anfang des 19. Jahrunderts als Kochgelegenheit für die Seeleute gebaut, da Feuer auf den Holzschiffen verboten war. Heute steht es als Grillplaz und Kochgelegenheit für Segler zur Verfügung.
Die Ansteuerung des alten Stadthafens erfolgt über ein betonntes Fahrwasser. Für die nächtliche Absteuerung gib es ein
Richtfeuer dass das Fahrwasser markiert und direkt in den Stadhafen führt. Die Zufahrt zum Yachthafen zweigt in der Mitte des Fahrwassers ab und ist ebenfalls mit Tonnen markiert, die Hafeneinfahrt ist befeuert.
In der Marina stehen 50 Liegeplätze in Boxen auf Wassertiefen von 2,5 m zur Verfügung. Im Stadthafen wird an der Pier oder der Mole fest gemacht, der Fähranleger muss freibleiben. Im Sommer liegt man im Stadthafen häufig im Päckchen. Die Wassertiefen im Stadthafen liegen bei über 3 m. Für grosse Yachten ist der Stadthafen besser geeignet.
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